El órgano soberano de FEPA es la Asamblea General, integrada por las 79 entidades federadas. Es responsable, entre otras, de elegir a la Junta Directiva y se reúne, como mínimo, una vez al año.
La Junta Directiva es el órgano que rige, administra y representa a FEPA y sus miembros no reciben ninguna compensación económica por el cargo. La actual Junta fue elegida en la Asamblea General Ordinaria celebrada en junio de 2023 para el mandato 2023-2027 y con la siguiente composición:
























